Saint - Cyr là một người khắc kỷ trong thời đại của chủ nghĩa thực dụng và vinh quang. Do từ chối không ký vào việccông bố chúc mừng cho tuyên bố sự ra đời của đế chế dẫn đến tên của ông không được trong danh sách các thống chế đầu tiên của Napoleon, trong khi các chỉ huy khác bao gồm Lannes, Bessières và Soult khong có kinh nghiệm bằng ông lại được. Trong cuộc đời mình, Saint - Cyr tin rằng Napoleon cố tình từ chối ông chỉ để làm nhục ông. Năm 1803 ông được bổ nhiệm làm chỉ huy của một quân đoàn tại Ý, năm 1805 ông đã phục vụ dưới trướng Masséna, và vào năm 1806 ông đã tham gia vào chiến dịch ở miền nam nước Ý. Khi ông quay trở lại Pháp, Napoleon lệnh cho ông quay trở lại chiến trường. Ông tham gia chiến dịch 1807 tại Phổ và Ba Lan, và năm 1808, ông được phong danh hiệu bá tước, chỉ huy một quân đoàn tại Catalonia; nhưng do không đồng tình với các nhận định từ Paris, ông từ chối quyền chỉ huy và bị bãi nhiệm cho tới năm 1811.

Ông giữ nguyên quân hàm trung tướng, do bị loại từ danh sách các Thống chế đầu tiên. Khi Napoleon xâm lược Nga, Saint-Cyr nhận được quyền tư lệnh một quân đoàn, và 18 tháng 8 năm 1812, ông đã dành thắng lợi trước quân Nga tại Polotsk, khiến ông nhận được quân hàm Thống chế. Người Nga dưới sự chỉ huy của Barclay de Tolly đã đốt cháy mọi thứ khi rút chạy khỏi Moscow, và đám cháy đã lan đến gần Smolensk. Vì đã giành được thắng lợi tại Polotsk và Oudinot đã bị thương, Saint-Cyr phải nhận chỉ huy quân đoàn của Oudinot.

Tháng 10 năm 1812, Saint-Cyr tham gia trận đánh lần hai tại Polotsk. Ông đã nhận vô số vết thương khi đang rút lui. Saint-Cyr đã khẳng định tên tuổi của mình tại trận Dresden (26–27 tháng 8 năm 1813) và trong cuộc chiến tranh chống liên minh thứ sáu, sau trận Leipzig, đầu hàng chỉ sau khi Hoàng đế thoái vị vào ngày 11 tháng 11.